早上起来肚子痛可能由生理因素、肠道菌群失调、急性肠胃炎等导致，建议及时去正规医院检查。
一、生理因素：
1.主要是由于腹部受凉、受风等引起。
2.一般无需特殊治疗，只需注意保暖，防止腹部受凉、受风就能缓解。
二、肠道菌群失调：
1.通常还伴有便秘、腹泻等症状。
2.可在医生指导下使用复方嗜酸乳杆菌片、黄连素片等药物进行治疗。复方嗜酸乳杆菌片含有嗜酸乳杆菌等成分，可调节肠道菌群；黄连素片有一定的止泻等作用。
三、急性胃肠炎：
1.往往还会有呕吐、腹胀、恶心、腹泻等表现。
2.患者可在医生指导下使用双歧杆菌活菌胶囊、左氧氟沙星片、盐酸洛哌丁胺胶囊等药物进行治疗。双歧杆菌活菌胶囊可补充有益菌；左氧氟沙星片有抗菌消炎功效；盐酸洛哌丁胺胶囊可缓解腹泻症状。
此外，还可能是胃溃疡引起，通常还伴有反酸、烧心等症状，建议患者及时到正规医院排查风险。
总之，早上起来肚子痛的原因多样，需及时就医明确原因，并根据具体情况进行相应的治疗。