右侧耳根部疼可能由多种原因引起，比如耳部本身的问题，像外耳道炎，这种情况可能会导致局部疼痛，一般外耳道炎如果是细菌感染引起，可能会有红肿等表现。
耳部疾病相关原因
外耳道炎：外耳道皮肤或皮下组织的炎症，可由细菌感染、外伤等引起，除了耳根部疼，还可能有外耳道分泌物增多、耳朵瘙痒等症状。如果是细菌感染导致的外耳道炎，可能需要使用抗生素类药物，但具体用药需遵医嘱。中耳炎： 中耳发生的炎症，分为急性和慢性。急性中耳炎可能与上呼吸道感染有关，会出现耳根部疼、耳痛、听力下降等症状；慢性中耳炎可能有长期耳流脓、耳鸣等表现。急性中耳炎在儿童中较为常见，治疗上需要根据病情使用抗生素等药物。
神经方面原因
三叉神经痛：三叉神经分布区域内出现的短暂性、反复发作的剧烈疼痛，其中三叉神经下颌支受累时可能会导致耳根部疼，疼痛通常比较剧烈，呈电击样、刀割样。这种疼痛可能因说话、咀嚼等动作诱发。
周围组织病变原因
腮腺炎： 流行性腮腺炎是由病毒感染引起，会出现腮腺肿胀、疼痛，疼痛可能放射到耳根部；化脓性腮腺炎多由细菌感染引起，也会有腮腺区红肿、疼痛，可牵扯到耳根部。流行性腮腺炎具有传染性，发病后需要隔离，而化脓性腮腺炎需要使用抗生素治疗。