右侧耳根里面疼可能由多种原因引起，比如耳部本身的问题，像外耳道炎，这种情况可能会导致右侧耳根里面疼，一般外耳道炎可能和细菌感染有关，比如金黄色葡萄球菌等感染外耳道引发炎症。
耳部疾病相关原因
外耳道疖肿：外耳道软骨部的毛囊或皮脂腺被葡萄球菌等细菌感染，形成疖肿，就会引起右侧耳根里面疼，通常疖肿成熟时会有脓点。中耳炎：急性中耳炎多由上呼吸道感染引起，细菌或病毒进入中耳导致炎症，也会出现右侧耳根里面疼的情况，同时可能伴有听力下降、耳鸣等症状。
颈部疾病相关原因
颈椎病：如果是神经根型颈椎病，突出的颈椎间盘等压迫神经根，可能会放射到右侧耳根部位引起疼痛，长时间低头、颈部姿势不当等容易诱发颈椎病。颈部淋巴结炎：右侧耳根周围的淋巴结受到细菌感染发生炎症，也会导致右侧耳根里面疼，淋巴结可能会肿大、压痛。
其他原因
神经痛：比如三叉神经痛，疼痛可能会牵涉到右侧耳根部位，疼痛较为剧烈，呈电击样、刀割样。肿瘤：虽然相对少见，但右侧耳根附近的肿瘤，如腮腺肿瘤等，也可能压迫周围组织引起疼痛，不过这种情况一般疼痛会逐渐加重，可能还伴有局部肿块等表现。