孢子菌毛囊炎主要由马拉色菌感染引起，治疗上常用抗真菌药物。一般可以通过外用和内服药物来治疗，通常经过规范治疗，多数患者可在数周内改善症状。
外用药物选择
酮康唑洗剂： 可以抑制马拉色菌生长，每周使用2 - 3次，用它清洗患处，能帮助减轻炎症和杀灭真菌。使用时取适量洗剂涂抹在患处，轻轻按摩几分钟后冲洗干净。联苯苄唑乳膏： 属于外用抗真菌药，每天早晚各涂抹一次在患处，能起到抑制真菌细胞膜合成的作用，从而发挥抗真菌功效，缓解毛囊炎的症状。
内服药物情况
伊曲康唑胶囊： 是常用的抗真菌内服药物，对于较严重的孢子菌毛囊炎有较好疗效。但需要注意，肝功能不全者要谨慎使用，使用前最好先检查肝功能。一般需要按照疗程服用，具体疗程需遵医嘱。氟康唑片： 也可用于治疗孢子菌毛囊炎，同样是通过抑制真菌细胞色素P450依赖酶，阻碍真菌细胞膜合成来发挥作用。不过，儿童、孕妇及哺乳期妇女要慎用，使用前需咨询医生。
日常护理要点
保持皮肤清洁干燥： 患者要注意经常洗澡，尤其是出汗后及时清洁皮肤，保持皮肤干爽。建议每天用温水洗澡，洗澡后要尽快擦干身体，特别是容易长毛囊炎的部位，如胸背部等。衣物选择： 穿着宽松、透气的棉质衣物，避免穿紧身、不透气的衣物，这样可以减少皮肤与衣物之间的摩擦，也能防止汗液不易散发，降低马拉色菌滋生的风险。比如夏天尽量选择棉质短袖、短裤等。避免搔抓： 患病部位尽量不要用手搔抓，防止抓破皮肤引起继发感染，加重病情。如果瘙痒明显，可以通过轻轻拍打来缓解，而不是搔抓。