孢子菌毛囊炎主要由马拉色菌感染引起，治疗上一般可通过外用药物、口服药物以及日常护理等综合方式来改善，通常规范治疗能取得较好效果。
外用药物治疗
酮康唑洗剂： 可以抑制马拉色菌的生长繁殖。使用时取适量酮康唑洗剂涂抹在患处，轻轻按摩几分钟后冲洗干净，一般建议每周使用2 - 3次。联苯苄唑乳膏： 属于抗真菌外用药，直接涂抹在皮损处，能够起到抗真菌的作用，每天使用1 - 2次，连续使用数周，具体时间需根据病情恢复情况而定。
口服药物治疗
伊曲康唑胶囊： 是常用的抗真菌口服药，它可以作用于马拉色菌的细胞色素P450，抑制其细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌功效。一般需要按照疗程服用，但要注意肝功能情况，用药前和用药过程中需监测肝功能。氟康唑片： 也是抗真菌药物，通过抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成发挥作用，口服后吸收良好，不过同样要关注对肝脏等器官的影响。
日常护理要点
保持皮肤清洁： 要经常洗澡，尤其是出汗后及时清洁皮肤，保持皮肤干爽。建议使用温和的沐浴产品，避免使用过于刺激性的肥皂等，洗澡水温不宜过高，一般控制在37 - 40℃为宜。衣物清洁： 贴身的衣物，如内衣、毛巾等要经常清洗并暴晒，因为马拉色菌可能在这些物品上存活，暴晒可以利用阳光中的紫外线杀灭马拉色菌，一般暴晒时间最好不少于6小时。避免搔抓： 患病部位尽量不要搔抓，以免引起皮肤破损，导致感染加重或者扩散。如果瘙痒明显，可以通过轻轻拍打来缓解瘙痒感。
治疗疗程与预后
一般来说，经过规范的外用和口服抗真菌治疗，大多数孢子菌毛囊炎患者在几周内症状会逐渐改善。但具体的治疗疗程会因个体差异、病情严重程度等有所不同。比如病情较轻的患者可能使用外用药物几周即可见效，而病情较重或者反复发作的患者可能需要口服药物配合治疗，疗程可能延长至数月。只要积极配合治疗，注意日常护理，孢子菌毛囊炎是可以治愈的，而且治愈后一般预后较好，但如果不注意预防，有再次感染的可能。