耳膜穿孔的治疗方式需根据具体情况而定。一般来说，小的耳膜穿孔有自行愈合的可能，较大的穿孔则多需手术修复。
小穿孔的观察与等待
小的耳膜穿孔，比如直径小于3毫米的，有一定几率自行愈合。通常要保持耳道清洁干燥，避免进水，一般观察2 - 3个月，期间要防止感冒，因为感冒可能导致鼻腔分泌物通过咽鼓管进入中耳，影响穿孔愈合。在此期间，要避免用力擤鼻涕等增加中耳压力的动作。
手术修复的情况
如果耳膜穿孔较大，超过3个月仍未自行愈合，或者是由外伤等因素导致的较大穿孔，可能需要手术修复。手术多采用鼓膜成形术，通过取自身的筋膜等组织移植到穿孔处来修复鼓膜。手术一般在全身麻醉或局部麻醉下进行，手术时间通常较短，大约30 - 60分钟。手术后需要注意耳部护理，按照医生要求使用抗生素预防感染，一般术后1 - 2周需要复诊观察恢复情况。
感染时的处理
当耳膜穿孔伴有感染时，首先要控制感染。会使用抗生素来抗感染，常用的抗生素有头孢类抗生素，如头孢拉定等。需要根据感染的严重程度来决定是口服还是静脉输注抗生素。同时，要清理耳道内的分泌物，保持耳道清洁，在感染得到控制后再考虑鼓膜修复等后续处理。如果感染没有得到及时控制，可能会导致中耳炎症加重，引发更严重的并发症。
外伤导致穿孔的特殊处理
对于因外伤导致的耳膜穿孔，首先要避免耳道再次受到伤害。如果是轻微外伤引起的小穿孔，处理方式类似小穿孔的观察等待；如果是较严重外伤导致的较大穿孔，也要根据具体情况考虑手术修复等措施。在受伤后的急性期，要避免头部剧烈运动，尽量保持安静，减少耳部压力变化。