龟头尿尿疼可能由多种原因引起，比如尿道炎，据临床统计，大约有30%~50%的尿道炎患者会出现龟头尿尿疼的症状。
尿道炎导致的龟头尿尿疼
淋菌性尿道炎：由淋病奈瑟菌感染所致，主要通过性接触传播。除了龟头尿尿疼，还可能出现尿道脓性分泌物，尿道口红肿等症状。患者多有不洁性生活史。非淋菌性尿道炎：主要由沙眼衣原体、生殖支原体等感染引起，症状相对淋菌性尿道炎较轻，尿道分泌物多为稀薄黏液，龟头尿尿疼程度一般不如淋菌性尿道炎剧烈，但也会影响正常排尿。
龟头炎引发的龟头尿尿疼
急性浅表性龟头炎：多因局部摩擦、外伤或包皮过长清洁不够等引起。炎症部位表现为水肿、红斑、糜烂、渗出，排尿时尿液刺激患处会导致龟头尿尿疼。念珠菌性龟头炎：由念珠菌感染引起，糖尿病患者、长期应用广谱抗生素或皮质类固醇激素者易患此病。可出现龟头红斑，表面光滑，有小疱疹，边缘清楚，急性发作时有糜烂、渗液，从而引发龟头尿尿疼。
其他可能原因
泌尿系统结石：如尿道结石，当结石卡在尿道部位时，排尿过程中结石刺激尿道黏膜，会出现龟头尿尿疼，还可能伴有排尿困难、血尿等症状。外伤因素：龟头部位受到外力撞击等外伤后，也可能出现尿尿疼的情况，同时局部可能有肿胀、淤血等表现。