儿童低烧不退可能由多种原因引起。一般来说，儿童体温在37.3℃~38℃之间持续超过2周，就属于低烧不退。
常见感染性原因
病毒感染： 像EB病毒感染，会导致儿童长期低烧，同时可能伴有淋巴结肿大、肝脾肿大等表现。另外，巨细胞病毒感染也常引起儿童低烧不退，还可能出现黄疸、肺炎等症状。细菌感染： 结核杆菌感染是常见的导致儿童低烧不退的细菌原因，除了低烧，还可能有盗汗、乏力、咳嗽等症状。布鲁氏菌感染也会让儿童出现长期低烧，多有接触牲畜等病史。
非感染性原因
自身免疫性疾病： 幼年特发性关节炎是儿童常见的自身免疫性疾病，可出现低烧，同时有关节肿胀、疼痛、畸形等表现。系统性红斑狼疮也可能导致儿童低烧不退，还会有面部红斑、口腔溃疡、脱发等症状。内分泌系统疾病： 甲状腺功能亢进症也会引起儿童低烧，同时伴有多汗、多食、消瘦、心慌等症状。
其他因素
环境因素： 如果儿童处于高温环境中，比如夏季穿着过厚、室内温度过高，可能会出现低烧不退的情况，脱离高温环境后体温多可恢复正常。功能性低热： 有些儿童可能没有明显的器质性病变，属于功能性低热，多在下午体温略高，一般不超过38℃，精神、食欲等一般情况良好，可能与儿童体温调节中枢发育不完善有关。