尿分叉的治疗需根据不同病因来定。如果是生理性尿分叉，比如男性晨起后偶尔出现的尿分叉，一般不需要特殊治疗，注意观察即可。但如果是病理性尿分叉，就要针对病因进行处理。
由尿道炎引起的治疗
尿道炎导致的尿分叉：尿道炎会使尿道黏膜充血、水肿，甚至有分泌物粘连，从而引起尿分叉。一般可使用抗生素治疗，像左氧氟沙星等喹诺酮类抗生素有一定效果。但需要注意，18岁以下人群禁用喹诺酮类药物，此时可选用头孢类抗生素，如头孢克肟等。
前列腺疾病引发的处理
前列腺炎造成的尿分叉：慢性前列腺炎患者可能出现尿分叉情况。可以通过热水坐浴来缓解，每天坐浴1 - 2次，每次15 - 20分钟，能促进前列腺部位的血液循环，减轻症状。如果是细菌性前列腺炎，也需要使用抗生素，如头孢呋辛等，不过用药需在医生指导下进行，且要注意用药疗程。前列腺增生导致的尿分叉：对于前列腺增生引起的尿分叉，症状较轻时可以服用α受体阻滞剂，如坦索罗辛，它能松弛前列腺平滑肌，缓解排尿困难。但有严重低血压的患者要慎用，需在医生评估后使用。
尿道结石导致的应对
尿道结石引起的尿分叉：如果是尿道结石导致的尿分叉，较小的结石可以通过大量饮水，每天保证2000毫升以上的饮水量，促进结石排出。而较大的结石可能需要进行手术治疗，如尿道镜下取石术等，但具体治疗方案要根据结石的大小、位置等情况由医生确定。