尿分叉的原因不同，治疗方式也不一样。如果是偶尔出现的生理性尿分叉，比如晨起后第一次排尿，可能是因为夜间尿液积聚，尿道内压力变化导致，一般无需特殊治疗，注意观察即可。但如果是病理性尿分叉，就要根据具体病因来处理。
因尿道炎导致的尿分叉治疗
尿道炎引起的炎症刺激：尿道炎会使尿道黏膜充血、水肿，甚至形成小的溃疡面，排尿时尿液通过不光滑的尿道就可能出现分叉情况。一般需要使用抗生素治疗，比如常见的左氧氟沙星等（仅说明药物通用名及作用机制），但具体用药需遵医嘱。同时患病期间要多喝水，每天保证尿量在1500毫升以上，促进尿液冲刷尿道，帮助炎症恢复。
因前列腺增生导致的尿分叉治疗
前列腺增生造成的尿道梗阻：前列腺增生会压迫尿道，使尿道变窄，从而出现尿分叉。对于症状较轻的患者，可以服用α受体阻滞剂，像坦索罗辛等（说明药物通用名及作用机制），能松弛前列腺和膀胱颈部平滑肌，改善排尿症状。而症状严重、药物治疗效果不佳的患者，可能需要考虑手术治疗，比如经尿道前列腺电切术等，但手术有一定适应证和风险，需医生评估后决定。同时前列腺增生患者要避免久坐，每坐1小时左右就起来活动10 - 15分钟，还要注意保暖，防止受凉加重症状。
因尿道结石导致的尿分叉治疗
尿道结石引起的机械性梗阻：尿道内有结石会阻碍尿液正常排出，导致尿分叉。如果结石较小，小于0.6厘米，可以通过大量饮水，多做跳跃运动，促进结石自行排出，每天饮水量要在2000毫升以上。如果结石较大，可能需要进行体外冲击波碎石或者手术取石等治疗，具体治疗方式要根据结石的位置、大小等情况来定。比如尿道舟状窝的结石，有时可通过注入润滑油后轻轻取出。