紧急避孕药主要成分是高剂量的孕激素，一般来说，偶尔一次服用紧急避孕药，对胎儿造成明显伤害的概率相对较低，但如果在早期妊娠时误服紧急避孕药，可能存在一定风险。有研究显示，女性在不知道已怀孕的情况下服用紧急避孕药后，胎儿发生畸形等不良情况的风险并不会显著升高，但也不能完全排除潜在影响。
早期妊娠误服后的可能影响
胚胎发育阶段的影响：如果是在受精后的2周内服用紧急避孕药，这个时期胚胎还处于细胞分裂分化的早期阶段，此时药物对胚胎的影响可能是“全或无”的情况，要么胚胎正常发育，要么发生自然流产。因为如果药物对胚胎造成了严重损害，胚胎往往无法存活，会通过流产的方式排出体外；但如果胚胎能够继续发育，那么受到的影响可能相对较小。器官形成期的潜在风险：要是在受精后的3 - 8周，也就是怀孕的35 - 60天左右，这个时间段是胚胎器官形成的关键时期，虽然目前没有确凿证据表明紧急避孕药一定会导致胎儿器官畸形，但存在一定的潜在风险。因为在器官形成期，任何干扰都可能影响某个器官的正常发育，不过这种风险相对整体妊娠人群来说并不是很高。
长期随访观察情况
出生缺陷发生率：大量的流行病学研究随访显示，服用过紧急避孕药后正常妊娠出生的婴儿，其总体出生缺陷发生率与未服用紧急避孕药的正常妊娠人群出生缺陷发生率并无明显差异。例如一些大型的队列研究跟踪了众多服用过紧急避孕药后妊娠的女性所生育的孩子，在儿童期进行体格检查和发育评估，发现出生缺陷的比例并没有因为之前服用过紧急避孕药而显著升高。生长发育情况：这些孩子在出生后的生长发育，包括身高、体重、智力发育等方面，经过长期随访，也没有发现与服用紧急避孕药有明确的关联。也就是说，从目前的研究来看，服用紧急避孕药后妊娠的胎儿在生长发育方面大多是正常的。
紧急避孕药的正确使用建议
避免常规避孕方式：紧急避孕药不能作为常规的避孕方法，因为它的避孕有效率比常规避孕方法低，而且副作用相对较大。常规避孕可以选择复方短效口服避孕药、宫内节育器等方式。复方短效口服避孕药正确使用的话，避孕有效率可达99%以上；宫内节育器如果是含铜宫内节育器，一次放置可以避孕10 - 15年左右。了解服用时间限制：紧急避孕药需要在无保护性生活后的72小时内尽早服用，而且服用时间越接近无保护性生活发生的时间，避孕效果越好。超过72小时再服用，避孕失败的概率会明显增加。同时，紧急避孕药一个月经周期内一般只能服用一次，一年之内服用最好不要超过3次，频繁服用可能会导致月经紊乱等副作用，进而影响生殖健康。