唇腭裂是比较常见的先天性口腔颌面部畸形，其发病原因目前认为主要与遗传因素和环境因素有关。据统计，遗传因素在唇腭裂发病中占比约20%左右，而环境因素影响也不容忽视。
遗传因素方面
基因遗传倾向： 唇腭裂具有一定的家族遗传倾向。如果家族中有亲属患有唇腭裂，那么后代患唇腭裂的风险会相对增高。例如，父母一方患有唇腭裂，子女患病的概率大约在3% - 4%左右；如果父母双方都患有唇腭裂，子女患病概率则会升高到15%左右。染色体异常影响： 某些染色体异常也可能导致唇腭裂的发生。比如21 - 三体综合征等染色体疾病，常伴有唇腭裂的畸形表现。
环境因素方面
孕期母体因素
营养缺乏： 孕妇在孕期如果缺乏某些重要营养素，如叶酸，就可能增加胎儿发生唇腭裂的风险。研究发现，孕妇孕期叶酸摄入不足时，胎儿发生唇腭裂的几率比叶酸摄入正常的孕妇要高约3 - 5倍。药物影响： 孕妇在孕期服用某些药物也可能影响胎儿发育。例如，孕期服用一些抗癫痫药物等，可能会干扰胎儿面部发育，增加唇腭裂发生的可能性。感染因素： 孕妇在孕期感染某些病毒，如风疹病毒等，也与唇腭裂的发生有关。如果孕妇在怀孕早期感染风疹病毒，胎儿患唇腭裂的风险会明显增加。
其他环境因素
不良生活习惯： 孕妇在孕期大量吸烟、饮酒，也会对胎儿发育产生不良影响，增加胎儿出现唇腭裂的风险。有研究表明，孕妇每天吸烟超过10支，或者每周饮酒超过一定量，胎儿患唇腭裂的概率比正常孕妇高2 - 3倍。环境污染： 孕期暴露在污染的环境中，如接触过多的化学毒物、辐射等，也可能干扰胎儿面部的正常发育，导致唇腭裂的发生。