唇腭裂的发生是多种因素综合作用的结果，据统计，其发病率约为1‰左右。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 如果家族中有唇腭裂患者，那么后代发生唇腭裂的风险会明显增加。研究发现，唇腭裂是一种多基因遗传性疾病，某些特定的基因变异可能与唇腭裂的发生相关。如果父母一方患有唇腭裂，其子女患病几率约为3%左右；如果父母双方都患病，子女患病几率可高达15%左右。染色体异常影响： 一些染色体异常的情况也可能导致唇腭裂。例如，21 - 三体综合征（唐氏综合征）患儿常伴有唇腭裂的表现，这是因为染色体数目或结构的异常干扰了胚胎发育过程中面部结构的正常形成。
母体孕期因素影响
孕期感染情况： 孕妇在孕期如果感染了某些病毒，如风疹病毒，在怀孕早期（尤其是怀孕3个月内）感染风疹病毒，胎儿发生唇腭裂的概率会显著升高。因为此时是胎儿面部发育的关键时期，病毒感染可能影响面部组织的正常融合。孕期药物使用不当： 孕妇在孕期不合理使用某些药物也可能引发唇腭裂。比如，孕期服用某些抗癫痫药物等，这些药物可能干扰胚胎的正常发育，导致面部结构融合障碍，从而增加唇腭裂发生的风险。孕期营养缺乏： 孕妇在孕期缺乏某些重要营养素，如叶酸。叶酸对于胚胎的正常发育至关重要，孕期叶酸缺乏会影响细胞的增殖和分化，进而影响面部结构的形成，增加唇腭裂发生的可能性。一般建议孕妇在孕前3个月至孕早期3个月每天补充0.4 - 0.8毫克的叶酸。
环境因素相关
孕期接触有害物质： 孕妇在孕期接触某些有害物质，如铅、汞等重金属，或者长期处于污染的环境中，会对胎儿的发育产生不良影响，增加唇腭裂的发生风险。长期接触工业废气、汽车尾气等污染环境，可能使胎儿面部发育受到干扰。孕期不良生活习惯： 孕妇如果有吸烟、酗酒等不良生活习惯，也容易导致胎儿出现唇腭裂。吸烟产生的尼古丁等有害物质会影响胎盘的血液循环，导致胎儿营养供应不足；酗酒则可能直接损害胎儿的发育，干扰面部结构的正常形成过程。