习惯性腹泻可能由多种原因造成。一般来说，肠道感染后未完全恢复、肠道功能紊乱等都可能引发。比如，有研究显示约10% - 20%的人会在肠道感染后出现长期的肠道功能紊乱，进而导致习惯性腹泻。
肠道感染因素
病原体持续影响： 某些细菌、病毒或寄生虫感染肠道后，即便感染已得到控制，但肠道黏膜可能仍处于受损状态，例如沙门氏菌感染后，肠道的消化吸收和蠕动功能可能会长期受到影响，从而引发习惯性腹泻。肠道菌群失调： 肠道内正常菌群的平衡被打破，有益菌数量减少，有害菌相对增多，也会导致肠道功能紊乱，出现习惯性腹泻。像长期使用广谱抗生素的人，肠道菌群失调的概率就会增加，进而容易发生习惯性腹泻。
肠道功能紊乱方面
精神心理因素： 长期的精神紧张、焦虑、抑郁等情绪问题会影响神经系统对肠道的调节，比如长期处于高压工作状态的人，大脑皮层对肠道的调控失衡，可能导致肠道蠕动异常，引发习惯性腹泻。饮食因素： 长期食用刺激性食物，如过多的辛辣食物、生冷食物等，会刺激肠道黏膜，影响肠道的正常功能。例如每天都大量食用辣椒的人，肠道受到的刺激较大，容易出现习惯性腹泻。
其他系统疾病影响
甲状腺功能亢进： 甲状腺激素分泌过多会加快机体的新陈代谢，包括肠道的蠕动速度，从而导致腹泻，而且这种腹泻可能呈现出习惯性的特点。一般甲亢患者除了腹泻外，还可能伴有多汗、心慌、体重减轻等症状。肝胆疾病： 如慢性肝炎、胆囊炎等，会影响胆汁的分泌和排泄，进而影响脂肪的消化吸收，导致肠道功能紊乱，出现习惯性腹泻。比如慢性胆囊炎患者，胆汁排出不畅，脂肪消化受影响，就可能经常出现腹泻情况。