扁桃体结石主要是由于扁桃体隐窝长期堵塞，导致分泌物引流不畅，其中的钙、镁等无机盐沉积形成结石。一般来说，扁桃体结石的形成与多种因素相关。
隐窝堵塞相关因素
扁桃体结构因素： 扁桃体表面有许多深浅不一的隐窝，正常情况下隐窝能自行清理分泌物，但如果隐窝较深、开口较小，就容易导致分泌物积聚。据统计，约有30%的人扁桃体隐窝相对较深，比隐窝浅的人更容易出现结石问题。细菌感染影响： 当扁桃体受到细菌感染时，比如链球菌感染，会导致隐窝内的细菌大量繁殖，细菌及其代谢产物会与脱落的上皮细胞、黏液等混合，逐渐形成浓稠的物质，若不能及时排出，就为结石形成创造了条件。
口腔卫生状况因素
口腔清洁不到位： 长期不注意口腔卫生，食物残渣、细菌等容易残留在扁桃体隐窝中。例如，每天刷牙少于2次的人，扁桃体结石的发生率比每天规律刷牙3次及以上的人高出约50%。吸烟饮酒的影响： 吸烟会使口腔环境变得干燥，影响唾液的正常分泌和流动，不利于口腔清洁；过量饮酒也会破坏口腔的正常菌群平衡，增加扁桃体结石的发生风险。有研究表明，每天吸烟超过10支且饮酒量较大（每周饮酒超过14个标准饮酒单位，1个标准饮酒单位约含14克酒精）的人群，扁桃体结石发生率比不吸烟不饮酒人群高约2倍。
身体代谢因素
钙磷代谢异常： 人体钙磷代谢如果出现紊乱，比如血液中钙磷浓度失衡，就可能导致钙盐等在扁桃体隐窝内沉积。一些患有甲状旁腺疾病的患者，由于甲状旁腺激素分泌异常，更容易出现钙磷代谢紊乱，进而增加扁桃体结石的发生几率。年龄相关因素： 随着年龄增长，扁桃体的生理功能会逐渐发生变化，隐窝的清理功能也会减弱。一般40岁以上的人群比20岁左右的人群扁桃体结石发生率要高一些，这与年龄增长导致的扁桃体组织和功能退变有关。