扁桃体结石主要是由于扁桃体隐窝长期堵塞，导致分泌物引流不畅，钙、镁等无机盐沉积形成结石。
一、扁桃体隐窝结构因素
扁桃体表面有许多小隐窝，正常情况下分泌物可顺利排出。但如果隐窝口因感染、炎症等原因发生纤维化，变得狭窄，分泌物就难以排出，逐渐堆积，为结石形成创造条件。
二、细菌感染影响
细菌、食物残渣等长期积聚在扁桃体隐窝内，会成为结石形成的核心物质，细菌产生的物质会促进无机盐的沉积，进而形成结石。
三、年龄与生活方式因素
年轻人相对老年人更容易出现扁桃体结石，可能与年轻人扁桃体隐窝较深且新陈代谢相对活跃有关。此外，口腔卫生不良、长期吸烟、酗酒等生活方式也会增加扁桃体结石的发生风险，因为这些因素会导致口腔内细菌滋生，扁桃体分泌物增多且不易排出。
四、特殊人群情况
儿童扁桃体结石相对较少，但如果儿童扁桃体隐窝较深且口腔卫生差，也可能发生。对于老年人，身体机能下降，扁桃体隐窝的自净能力减弱，更容易出现扁桃体结石。女性在生理期等特殊时期，身体抵抗力可能下降，也可能增加扁桃体结石的发生几率。