肾囊肿形成的原因目前尚未完全明确，可能与多种因素有关。一般认为，先天性的肾小管发育异常是常见原因之一，比如肾小管在发育过程中形成了潴留性的囊肿。另外，年龄也是一个因素，随着年龄增长，肾脏出现囊肿的几率会增加，50岁以上人群做肾脏超声检查时，约有50%会发现单纯性肾囊肿。还有遗传因素，如果家族中有肾囊肿患者，那么其他人患肾囊肿的风险可能会升高，像常染色体显性多囊肾病就是一种遗传性疾病，会导致肾脏出现多个囊肿。
先天性因素相关
肾小管发育异常： 在胚胎发育时期，肾小管的结构和功能出现异常，使得局部肾小管形成扩张，进而逐渐发展成肾囊肿。这种先天性的肾小管发育异常是肾囊肿形成的重要内在因素，从胚胎时期就埋下了隐患。
年龄因素影响
50岁以上高发： 随着年龄增长，肾脏的结构和功能会发生一定变化，肾脏出现退行性改变，肾脏内的肾小管等结构更容易出现异常，从而导致肾囊肿的发生率升高。据统计，50岁以上人群中，通过超声检查发现肾囊肿的比例能达到50%左右。
遗传因素关联
常染色体显性多囊肾病： 这是一种遗传性疾病，由基因突变引起。如果父母一方患有常染色体显性多囊肾病，其子女有50%的概率遗传该疾病，进而出现肾脏多发囊肿，并且病情会逐渐进展，可能会影响肾脏功能。
其他可能因素
感染因素： 肾脏受到某些细菌、病毒等感染时，可能会影响肾脏组织的正常代谢和结构，在一定程度上增加肾囊肿形成的风险。不过感染因素导致肾囊肿的机制相对复杂，不是直接导致肾囊肿的最主要原因，但也是可能的影响因素之一。环境因素： 长期处于污染的环境中，或者接触某些有害的化学物质等，可能会对肾脏细胞产生不良影响，干扰肾脏的正常生理功能，从而增加肾囊肿发生的可能性，但目前关于环境因素与肾囊肿的确切关联还需要更多研究来明确。