肾囊肿形成的原因目前尚未完全明确，可能与多种因素有关。一般来说，先天性的发育异常可能是原因之一，比如肾小管憩室不断增多，就容易形成肾囊肿。另外，年龄也是一个因素，随着年龄增长，肾囊肿的发生率会有所增加，有研究显示50岁以上人群中，约有一半的人至少有一个单纯性肾囊肿。还有就是肾脏的退行性变，随着身体机能的衰退，肾脏组织出现退行性改变，也可能促使肾囊肿形成。
先天发育因素相关
肾小管发育异常： 在胚胎发育时期，肾小管的发育出现异常情况，比如肾小管形成憩室，而且这些憩室会不断增多，就有可能逐渐发展成肾囊肿。这种先天性的肾小管发育异常是肾囊肿形成的一个重要内在因素。遗传因素影响： 部分肾囊肿具有遗传倾向，像常染色体显性多囊肾病，就是由基因缺陷导致的，患者的基因突变会使得肾脏出现多个囊肿，而且这种疾病往往有家族遗传史，一代一代传递下来。
年龄因素影响
青少年时期的情况： 青少年时期肾囊肿相对较少见，但也有个别情况。一般来说，青少年肾囊肿多与先天因素有关，但发生率比较低。随着年龄增长到成年后，肾囊肿的发生率会逐渐上升。中老年时期的变化： 进入中老年后，身体各器官功能逐渐衰退，肾脏也不例外。肾脏的结构和功能发生变化，肾小管憩室增多等情况更容易出现，所以中老年人群中肾囊肿的发生率明显升高，据统计，50岁以上人群中肾囊肿的检出率能达到50%左右。
肾脏退行性变方面
肾脏组织老化： 随着年龄增加，肾脏组织出现老化现象，细胞的代谢功能、修复功能等都会下降。肾脏的血管、肾小管等结构逐渐出现退行性改变，使得局部组织容易形成囊肿。例如，肾脏的血管壁弹性下降，可能影响局部组织的血液供应和营养物质交换，进而导致肾囊肿形成。炎症等诱发： 肾脏局部可能会因为一些轻微的炎症等刺激，引发组织的修复异常，从而促使肾囊肿形成。虽然炎症不是直接导致肾囊肿的唯一原因，但它可能是肾脏退行性变过程中的一个诱发因素，使得肾囊肿更容易出现。