表皮囊肿的治疗主要以手术切除为主。对于较小且无症状的表皮囊肿，可以暂时观察；若囊肿较大或出现不适症状，则需通过手术将其完整切除。
手术治疗方式
传统手术切除： 医生会在囊肿表面做一个切口，将囊肿完整剥离出来。这种方法适用于大多数表皮囊肿，能彻底去除病灶。一般来说，手术操作相对直接，能较为干净地切除囊肿组织。微创手术： 对于一些位置较特殊或对美观要求较高的情况，可采用微创手术。比如通过小切口，利用特殊器械进行囊肿切除。微创手术创伤相对较小，术后恢复较快，但对医生技术要求较高。
观察随访情况
无症状小囊肿： 如果表皮囊肿较小，直径通常在1厘米以内，且没有任何不适症状，如疼痛、红肿等，可以选择定期观察随访。一般建议每隔3 - 6个月到医院进行复查，通过超声等检查方式监测囊肿的大小、形态等变化。有变化时及时处理： 在观察过程中，如果发现囊肿有增大趋势，或者出现疼痛、红肿、感染等情况，就需要及时采取进一步的治疗措施，如手术切除等。
药物辅助情况
感染时用药： 当表皮囊肿出现感染症状，如局部红肿热痛，甚至有化脓表现时，可能需要使用抗生素来控制感染。常用的抗生素有头孢类等，但这只是辅助治疗手段，最终还是需要通过手术切除囊肿来根治。不过使用抗生素时要注意，不能自行滥用，需在医生指导下根据感染情况合理选用。一般不常规用药： 通常情况下，表皮囊肿不需要常规使用药物进行治疗。药物对于囊肿本身的消退作用有限，手术切除仍是主要的治疗方式。