牙根囊肿手术通常不具危险性。牙根囊肿也被称作根尖周囊肿、根端囊肿、残余囊肿，属于常见的囊性病变，出现在已萌出牙齿的根尖区域，往往和牙根的慢性感染相关，是由含上皮的根尖肉芽肿发展形成的。
一、如果囊肿较小，通常会先实施根管治疗，全面清除根管内的感染，然后密切观察。
1.根管治疗是通过机械和化学方法去除根管内的大部分感染物，并通过充填根管、封闭冠部，防止发生根尖周病变或促进已经发生的根尖周病变的愈合。
二、当囊肿较大时，就应给予手术治疗。
1.如果患牙松动显著或者感染严重，那么就需要进行患牙拔除术。
2.如果囊肿波及上颌窦或者伴有上颌窦炎症，此时则要进行上颌窦根治术。
这种病总体预后良好，然而若囊肿范围广泛，囊肿术后的无效腔可能会延迟创口的愈合；倘若伴有继发感染，术后有可能复发。当患有牙根囊肿时，建议积极与医生配合进行治疗，以免耽误病情。
总结：牙根囊肿手术风险不大，针对不同大小的囊肿有不同的处理方式，治疗后也可能存在一些情况，患者需积极配合治疗以避免病情延误。