双肾囊肿不一定都会引起腰痛，大约有10% - 40%的双肾囊肿患者可能出现腰痛症状。
囊肿大小与腰痛的关系
较小囊肿：当双肾囊肿直径小于5厘米时，通常对肾脏组织的压迫较轻，较少引起腰痛。这类囊肿往往没有明显的临床症状，多是在体检做B超等检查时被发现。较大囊肿：如果双肾囊肿直径大于5厘米，囊肿会对肾脏包膜产生牵拉，或者压迫周围组织，就比较容易引发腰痛。这种腰痛一般表现为腰部隐痛或胀痛，疼痛程度因人而异。
囊肿位置与腰痛的关联
皮质部囊肿：位于肾脏皮质部位的囊肿，对肾脏实质的影响相对较小，引发腰痛的概率相对低一些。因为皮质部的组织相对疏松，囊肿生长到一定大小才会产生较为明显的刺激。髓质部囊肿：而位于肾脏髓质部位的囊肿，由于髓质部位的结构相对紧密，囊肿即使不大，也容易压迫周围的血管、神经等结构，从而更易导致腰痛。
囊肿并发情况与腰痛
囊肿感染：当双肾囊肿合并感染时，除了囊肿本身引起的压迫相关症状外，还会出现炎症反应，导致腰部疼痛加剧。同时可能伴有发热、寒战等全身症状，疼痛性质多为较为剧烈的胀痛，伴有局部的压痛。囊肿出血：双肾囊肿如果发生出血情况，血液会刺激肾脏包膜，也会引起明显的腰痛。这种腰痛往往比较突然，可能还会伴有血尿等表现。