治疗扁平疣效果较好的药膏有维A酸类药膏、水杨酸类药膏以及干扰素凝胶等。一般来说，使用合适的药膏坚持治疗一段时间能取得不错效果。
维A酸类药膏
维A酸乳膏：它可以调节表皮细胞的分化，促进表皮更新，使角质层细胞疏松脱落，从而达到治疗扁平疣的作用。不过，使用时可能会有局部刺激症状，如红斑、脱屑等，一般在用药初期较常见，通常能逐渐适应。阿达帕林凝胶：属于第三代维A酸类药物，相较于第一代维A酸，刺激性相对较小。它能改善毛囊皮脂腺导管角化、溶解微粉刺和粉刺，对扁平疣也有一定的治疗效果，使用时同样要注意可能出现的局部皮肤刺激反应。
水杨酸类药膏
水杨酸软膏：水杨酸具有角质溶解作用，能促使角质层脱落，帮助去除扁平疣表面的角质层，进而起到治疗作用。但使用时要注意避免接触正常皮肤，以免引起刺激。一般连续使用几周可能会看到效果。复方水杨酸搽剂：其中的水杨酸与其他成分配合，也能对扁平疣发挥一定的治疗功效，使用时需按照说明书正确操作。
干扰素凝胶
重组人干扰素α-2b凝胶：它可以通过调节免疫功能来发挥作用，增强机体对病毒的抵抗能力，从而抑制扁平疣病毒的复制，达到治疗扁平疣的目的。不过，使用干扰素凝胶可能会出现局部轻度瘙痒、灼痛等不良反应，一般比较轻微。在使用这些药膏治疗扁平疣时，要注意保持皮肤清洁，避免搔抓疣体，防止自身接种传播。同时，不同的人对药物的反应可能不同，有些患者可能需要较长时间的治疗才能看到明显效果。如果使用一段时间后没有改善或者病情加重，应及时就医，考虑其他治疗方法。