怀孕时孕酮低可能由多种原因引起。一般来说，女性体内的黄体功能不全是常见原因之一，比如黄体分泌的孕酮不足，就可能导致怀孕后孕酮水平偏低。另外，胚胎自身的问题也可能引发孕酮低，像胚胎染色体异常等情况，会影响胎盘的正常功能，进而导致孕酮分泌异常。还有，女性的内分泌系统出现紊乱，例如甲状腺功能减退等疾病，也可能干扰孕酮的分泌，使得怀孕时孕酮水平降低。
黄体功能不全导致孕酮低
卵巢黄体发育不全： 正常情况下，卵巢排卵后会形成黄体，黄体能够分泌孕酮。如果黄体发育不全，其分泌孕酮的量就会不足，从而引起怀孕时孕酮低。一般来说，这种情况在一些有内分泌失调病史的女性中较为常见。黄体期缩短： 正常的黄体期应该维持一定的时间，若黄体期缩短，那么黄体分泌孕酮的时间也会相应缩短，导致孕酮分泌量不够，进而出现怀孕时孕酮低的状况。通常黄体期正常是12~14天，如果黄体期短于10天，就需要考虑黄体功能不全的可能。
胚胎自身问题引发孕酮低
胚胎染色体异常： 当胚胎的染色体出现异常时，会影响胚胎的正常发育，进而影响胎盘的功能，使得胎盘分泌孕酮的能力下降，导致怀孕时孕酮低。据统计，大约有50%~60%的自然流产是因为胚胎染色体异常引起的，而这类情况往往会伴随孕酮低的现象。胚胎发育不良： 如果胚胎在发育过程中出现问题，比如发育迟缓等，也会影响到孕酮的分泌，造成怀孕时孕酮低。这种情况下，通过超声检查可能会发现胚胎的发育与孕周不太相符。
内分泌系统紊乱致使孕酮低
甲状腺功能减退： 甲状腺分泌的激素对身体的新陈代谢等多种功能有调节作用，当出现甲状腺功能减退时，会影响到整个内分泌系统的平衡，进而影响孕酮的分泌，导致怀孕时孕酮低。患有甲状腺功能减退的女性，除了孕酮低外，还可能伴有畏寒、乏力、嗜睡等症状。多囊卵巢综合征： 多囊卵巢综合征患者体内的激素水平失衡，会影响卵巢的正常排卵和黄体的形成，从而导致孕酮分泌不足，引发怀孕时孕酮低。这类患者往往还存在月经不调、肥胖等表现。