胎记形成的原因目前尚未完全明确，不过一般认为可能与以下因素有关。部分胎记是由于胚胎发育过程中，皮肤组织在发育时异常增生，从而在皮肤表面出现形状和颜色的异常改变。比如太田痣，它的形成可能与遗传有一定关系，有研究发现部分太田痣患者有家族史。
血管异常导致的胎记
鲜红斑痣：这是一种常见的血管性胎记，是由于胚胎发育时期，特定部位的血管发育异常引起的。它表现为淡红色或暗红色的斑片，通常出生时就有，会随着年龄增长颜色逐渐加深、面积增大。草莓状血管瘤：属于血管增生引起的胎记，多在出生后1 - 2个月出现，起初可能是很小的红色斑点，之后迅速增长，形成高出皮肤表面、形似草莓的肿物。
色素沉着相关的胎记
蒙古斑：这是一种常见于婴儿腰骶部等部位的胎记，是由于胚胎发育时黑素细胞从神经嵴向表皮移行过程中，停留在真皮深部而引起的。一般呈青蓝色、灰蓝色的斑片，多在几年内自行消退。咖啡斑：病因目前尚不十分清楚，可能与遗传因素有关，表现为边界清楚的圆形、卵圆形淡褐色斑片，大小不一，可单发或多发。
神经嵴细胞发育异常导致的胎记
太田痣：被认为是由于胚胎发育时，黑素细胞从神经嵴向表皮移行时，未能通过真皮与表皮交界处，停留在真皮内而形成的。主要表现为眼周、面部等部位的蓝灰色、灰褐色色素沉着斑。伊藤痣：也与神经嵴细胞发育异常有关，多分布于肩及上臂等部位，表现为淡青、灰蓝、淡褐、深褐或蓝黑色的斑疹或斑片。