早上起来肚子疼可能由多种原因引起。比如，约有10%-20%的健康人会在晨起时出现短暂的肠道痉挛性疼痛。
一、胃肠道功能紊乱
饮食因素： 前一天晚上进食过多油腻、辛辣食物，或者进食过饱，都可能导致早上起来胃肠消化负担重，引发肚子疼。例如，前一晚吃了大量炸鸡、辣椒，第二天早上就容易出现腹部不适。睡眠姿势： 睡眠时长时间保持不良姿势，可能影响胃肠道血液循环，晨起也可能出现肚子疼。比如趴着睡，可能压迫腹部脏器，导致早上醒来腹痛。
二、肠道疾病
肠炎： 如果肠道有炎症，如细菌性肠炎，炎症刺激肠道黏膜，晨起时肠道蠕动可能引发疼痛。一般肠炎患者除了晨起腹痛，还可能伴有腹泻、大便带黏液等症状。肠易激综合征： 这是一种常见的功能性肠病，患者晨起后可能出现腹痛，还常伴有排便习惯改变，如腹泻或便秘交替。约有一半的肠易激综合征患者会在晨起时有腹痛表现。
三、腹部脏器病变
胆囊疾病： 胆囊结石或胆囊炎患者，夜间胆囊收缩，晨起时可能诱发右上腹疼痛。尤其是胆囊结石患者，约10%-15%的人会在晨起时出现右上腹隐痛或胀痛。泌尿系统结石： 如输尿管结石，结石移动可能导致腹部疼痛，晨起时由于体位变化，结石刺激输尿管也可能引发肚子疼，常伴有腰痛、血尿等症状。
四、其他因素
腹部着凉： 夜间睡眠时腹部保暖不当，腹部着凉后肠道痉挛，晨起就会肚子疼。比如室温较低，又没盖好被子，腹部受寒后易出现这种情况。心理因素： 长期精神紧张、焦虑等心理状态，可能影响胃肠道功能，晨起时也可能出现腹痛。有研究发现，约1/3的焦虑症患者会伴随胃肠道不适，包括晨起腹痛。