药流后第二天肚子疼的原因主要有以下两点：
一、子宫收缩：这是药流后第二天肚子疼的常见原因。因为怀孕时子宫会增大，在服用药物后妊娠囊排出，子宫便会开始慢慢收缩恢复至正常大小。同时，绒毛排出后还有蜕膜组织残留，子宫也会收缩以促进蜕膜排出。此时除了肚子疼，还会伴有阴道少量流血现象。这种情况通常无需特殊处理，不过需要患者适当休息。
1.子宫收缩的过程：子宫会从增大状态逐渐回缩，这个过程会伴随收缩动作。
2.伴随症状：包括肚子疼和少量阴道流血。
二、流产不全：药物流产后可能出现流产不全的状况，此时患者不仅会有剧烈腹痛，还会伴随阴道出血量增多的现象，严重者甚至会出现流产后大量出血的情况，这就需要立即前往医院就诊。
1.流产不全的表现：剧烈腹痛和出血量多。
2.严重情况：可能导致大量出血。
药流妊娠物排出后一般会有持续约1周的阴道出血，并且在药流后1至2周需要到医院进行腹部彩超检查，以查看宫腔内是否有残留。
总结概况提示：药流后第二天肚子疼可能是子宫收缩或流产不全导致，需根据具体症状判断。同时要注意药流后的后续观察和检查。