药流后第二天晚上肚子疼，可能是以下原因引起：
1.子宫收缩：药流后，子宫需要通过收缩来排出孕囊和蜕膜组织，这个过程可能会引起宫缩痛，通常为阵发性的，类似于痛经。这种疼痛通常会在药流后1-2天逐渐减轻，如果疼痛持续加重或伴有大量出血，应及时就医。
2.宫腔残留：药流可能会导致孕囊和蜕膜组织排出不完整，残留的组织在宫腔内可能会引起感染和出血，导致肚子疼。如果怀疑有宫腔残留，需要进行B超检查，如有必要，可能需要进行清宫手术。
3.感染：药流后如果不注意个人卫生，或过早进行性生活，可能会导致宫腔感染，引起肚子疼、发热等症状。如果出现感染，需要使用抗生素进行治疗。
4.其他：药流后肚子疼还可能与其他因素有关，如肠痉挛、肠梗阻等。
药流后要注意休息，避免劳累和剧烈运动，注意个人卫生，保持外阴清洁，一个月内禁止性生活和盆浴。如果药流后肚子疼持续加重或伴有其他异常症状，应及时就医，以便明确病因，进行针对性治疗。