三个月宝宝喉咙有痰呼噜呼噜作响，可能是以下原因引起的：
1.喉部发育不完善：三个月的宝宝喉部还没有发育完善，喉软骨比较软，呼吸时可能会出现呼噜呼噜的声音，这是正常的生理现象，一般随着宝宝的生长发育，症状会逐渐减轻。
2.呼吸道感染：如果宝宝患有感冒、气管炎等呼吸道感染疾病，喉咙会分泌痰液，导致呼噜呼噜作响。
3.过敏：宝宝对某些物质过敏，如花粉、尘螨等，也可能引起喉咙有痰的症状。
4.先天性喉喘鸣：这是一种先天性疾病，由于宝宝喉部结构异常，导致呼吸时发出呼噜呼噜的声音。
5.其他：如睡姿不当、吞咽功能不完善等，也可能导致宝宝喉咙有痰呼噜呼噜作响。
针对以上原因，可以采取以下措施：
1.保持室内空气湿润，可以使用加湿器增加空气湿度。
2.给宝宝多喂水，有助于稀释痰液。
3.及时清理宝宝的鼻腔和口腔分泌物，保持呼吸通畅。
4.如果是呼吸道感染引起的，需要在医生的指导下使用药物治疗。
5.对于先天性喉喘鸣，一般不需要特殊治疗，随着宝宝的生长发育，症状会逐渐减轻。
6.注意宝宝的睡姿，避免仰卧位，可适当抬高头部。
7.喂奶时要注意控制奶速，避免宝宝呛奶。
如果宝宝喉咙有痰呼噜呼噜作响的症状持续时间较长或伴有其他症状，如咳嗽、呼吸困难等，应及时就医，以便明确病因，采取相应的治疗措施。同时，在就医过程中，应注意做好宝宝的保暖工作，避免再次着凉。