肛瘘最好的治疗方式多为手术，一般通过手术将瘘管切开或切除，从而达到治愈目的。手术时机通常建议在肛瘘发作期后尽快进行，避免病情迁延加重。
手术治疗方式
瘘管切开术：适用于单纯性低位肛瘘。手术将瘘管全部切开，靠肉芽组织生长使伤口愈合。这种手术操作相对简单，术后恢复时间一般在2~4周左右，但要注意保持创面清洁，防止感染。挂线疗法：多用于高位肛瘘。利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线，缓慢切开肛瘘。挂线能起到慢性切割的作用，在切割瘘管的同时不会造成肛门失禁。通常挂线后10~14天橡皮筋会脱落，之后继续换药促进愈合。
术前准备
肠道准备：手术前1~2天需进食少渣饮食，如稀饭、面条等。手术前晚要进行灌肠，清洁肠道，减少肠道内细菌，降低术后感染风险。一般要求排出清水样便为宜。局部清洁：术前需坐浴，可用1：5000高锰酸钾溶液坐浴，每天1~2次，每次15~20分钟，保持肛门局部清洁，改善局部血液循环。
术后护理要点
创面换药：术后要按时换药，一般每天或隔天换药一次。换药时要注意观察创面愈合情况，及时清除创面的分泌物和坏死组织，促进新生肉芽组织生长。换药过程可能会有轻微疼痛，一般可耐受。饮食调整：术后应进食易消化、富含营养的食物，如瘦肉粥、鸡蛋羹等，避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒等，以防刺激伤口，影响愈合。同时要保证足够的水分摄入，每天饮水量保持在1500~2000毫升左右，保持大便通畅。肛门功能锻炼：术后待创面有所恢复后，可进行肛门功能锻炼，如提肛运动。每天进行3~4次，每次提肛30次左右，有助于促进肛门血液循环，增强肛门括约肌功能，预防肛门狭窄等并发症。