胎儿停育的原因有多种，据统计，大约50%-60%的早期胚胎停育是由于染色体异常导致的。
染色体异常因素
胚胎自身染色体问题： 受精卵在形成过程中，如果染色体发生数目或结构的异常，就很容易出现胎儿停育。比如常见的三体综合征，像21 - 三体、18 - 三体等，这些染色体数目异常会严重影响胚胎的正常发育，导致胚胎无法存活，进而出现停育情况。父母染色体异常遗传： 如果父母其中一方存在染色体平衡易位等结构异常，有可能遗传给胎儿，从而引发胎儿停育。例如父亲或母亲携带平衡易位染色体，在形成受精卵时，就可能把异常的染色体传递给胎儿，影响胎儿正常发育进程。
母体因素影响
内分泌失调： 女性体内的激素水平对维持妊娠至关重要。比如黄体功能不全，会导致孕激素分泌不足，而孕激素对于维持子宫内膜蜕膜化、支持胚胎发育起着关键作用，当孕激素不足时，就难以保障胚胎正常生长，容易引起胎儿停育。一般来说，黄体期孕酮水平低于一定数值（如低于25nmol/L）就可能存在风险。甲状腺功能异常也会影响胎儿发育，甲状腺功能减退会使母体代谢率降低，影响胚胎的生长环境，增加胎儿停育的几率；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰妊娠，导致胎儿停育发生。全身性疾病： 孕妇如果患有严重的全身性疾病，如严重的糖尿病未得到良好控制、高血压疾病等，会影响胎盘的血液灌注和营养供应，使胎儿得不到充足的营养和氧气，从而引发胎儿停育。例如患有糖尿病的孕妇，如果血糖长期居高不下，会导致胎盘血管病变，影响胎儿的营养输送。
子宫环境问题
子宫解剖异常： 子宫畸形是常见的导致胎儿停育的子宫因素，比如纵隔子宫，子宫腔内的纵隔会影响胚胎着床和发育空间，使得胚胎着床不稳定，容易发生停育。另外，宫腔粘连也会对胎儿发育产生不利影响，宫腔粘连会使宫腔容积减小，影响胚胎的生长环境，阻碍胚胎正常发育，增加胎儿停育的可能性。子宫内膜病变： 子宫内膜过薄或者过厚都不利于胚胎着床和发育。子宫内膜厚度低于7mm时，胚胎着床困难，即使着床也容易因为营养供应不足而发生停育；而子宫内膜过厚，可能存在子宫内膜息肉、子宫内膜增生等病变，这些病变会干扰胚胎的正常着床和发育，导致胎儿停育发生。
免疫因素作祟
自身免疫异常： 孕妇自身存在自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮等，体内会产生自身抗体，这些抗体可能攻击胎盘组织，破坏胎盘的正常结构和功能，影响胎儿的血液供应和营养交换，进而导致胎儿停育。同种免疫异常： 母体对胎儿免疫耐受不足也会引发胎儿停育。正常妊娠时，母体免疫系统对胎儿这个半同种异体抗原能够产生耐受，若这种耐受机制出现异常，母体免疫系统将胎儿视为异物进行攻击，就会导致胚胎被排斥，出现胎儿停育情况。