胎儿停育的原因有多种，约50% - 60%的早期胚胎停育是由于染色体异常导致的。
染色体因素：
父母染色体异常： 如果父母双方有一方存在染色体结构或数目异常，就有可能遗传给胎儿，从而引发胎儿停育。例如，平衡易位的携带者，他们的生殖细胞在形成配子时，很容易产生染色体不平衡的胚胎，这类胚胎大多无法正常发育，导致停育。胎儿自身染色体异常： 在胚胎发育过程中，由于各种原因可能出现染色体突变，比如受到辐射、化学物质等影响，使得胎儿染色体出现数目或结构的异常，这是早期胎儿停育最常见的原因之一。
母体因素：
内分泌失调： 女性体内的激素水平对维持妊娠至关重要。例如，黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能为胚胎的着床和发育提供良好的内分泌环境，容易导致胎儿停育。临床研究发现，约有20% - 30%的早期流产是因为黄体功能不全引起的。另外，甲状腺功能异常也会影响胎儿发育，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会干扰胎儿的生长发育进程，增加胎儿停育的风险。子宫异常： 子宫是胎儿生长的“宫殿”，如果子宫存在畸形，如纵隔子宫、双角子宫等，会影响子宫腔的正常形态和容积，不利于胚胎着床和发育。还有子宫内膜炎等子宫炎症，会改变子宫内膜的容受性，使得胚胎难以着床或着床后容易发生停育。
免疫因素：
自身免疫异常： 母体自身产生的一些自身抗体可能攻击胚胎组织，例如抗磷脂抗体综合征，体内存在的抗磷脂抗体可与胎盘血管内皮细胞结合，引起血管栓塞，影响胎盘的血液供应，导致胎儿得不到足够的营养和氧气供应，进而发生停育。据统计，约10% - 20%的复发性流产与自身免疫异常有关。同种免疫异常： 母体对胎儿免疫耐受不足也会导致胎儿停育。正常妊娠时，母体免疫系统对胎儿这个半同种异体抗原能够保持耐受，若这种耐受机制发生异常，母体免疫系统就会将胎儿视为外来抗原进行攻击，从而引发胚胎停育。
环境因素：
化学物质接触： 孕妇长期接触一些有毒有害的化学物质，如苯、甲醛、农药等，这些物质可能通过呼吸道或皮肤吸收进入体内，干扰胎儿的正常发育，增加胎儿停育的可能性。例如，在橡胶厂、油漆厂等工作环境中的孕妇，接触相关化学物质的机会较多，胎儿停育的风险相对较高。辐射暴露： 孕妇受到过量的辐射，如长时间接触X射线、放射性物质等，辐射会损伤胎儿的细胞，影响胚胎的发育，导致胎儿停育。一般来说，在非医学需要的情况下，孕妇应尽量避免接触辐射源。