儿童软疣通常可以采用局部治疗为主，比如用镊子将软疣小体挤出，然后外涂碘酊等预防感染，一般处理一次就能有明显效果。
局部物理治疗方法
刮除术： 由医生用消毒过的刮匙，将软疣小体彻底刮除，操作简单，能直接去除疣体，但要注意操作时的无菌原则。冷冻治疗： 利用低温液氮使软疣组织坏死脱落，一般经过1 - 2次冷冻处理，多数儿童软疣可消退，冷冻后局部可能会有轻度红肿、水疱等反应，通常能自行恢复。
药物辅助治疗情况
斑蝥素： 可以涂抹在软疣表面，通过对疣体的腐蚀作用来达到治疗目的，但使用时要注意避免接触周围正常皮肤，防止造成损伤。西多福韦： 对于顽固性的儿童软疣，在医生评估后可能会考虑使用，但要密切观察药物的不良反应。
家庭护理注意事项
避免搔抓： 儿童往往会不自觉地搔抓软疣部位，要告知孩子不要用手抓，防止疣体扩散到身体其他部位，引起更多新的软疣。保持皮肤清洁： 要让孩子勤洗澡，保持皮肤干净，洗澡时避免用力搓洗软疣部位，防止疣体破损。衣物被褥清洁： 孩子的衣物、被褥要定期清洗、暴晒，避免软疣病毒在衣物被褥上残留，再次感染孩子。
预防复发要点
增强免疫力： 让儿童保证充足的睡眠，合理饮食，多吃富含维生素和蛋白质的食物，像新鲜的蔬菜、水果、牛奶、鸡蛋等，有助于提高身体免疫力，降低软疣复发的几率。避免接触传染源： 尽量少带孩子去公共浴池、游泳池等人员密集且卫生条件难以保证的场所，防止接触到软疣病毒。如果周围有患软疣的人群，要让孩子避免与其密切接触。