患了肛窦炎可以使用抗生素类药物等，一般根据病情选择合适药物。比如对于细菌感染引起的肛窦炎，常用的有甲硝唑等药物。
抗生素类药物治疗
甲硝唑： 属于硝基咪唑类抗生素，对厌氧菌有较好的抗菌作用。肛窦炎多与细菌感染有关，尤其是厌氧菌感染时，甲硝唑可以抑制细菌的生长繁殖，减轻炎症反应。一般可以口服甲硝唑片来进行治疗，但要注意对甲硝唑过敏者禁用。头孢类抗生素： 如头孢拉定等，头孢类抗生素是广谱抗生素，对多种细菌有杀灭作用。如果肛窦炎是由敏感细菌引起，可根据病情选用头孢拉定等药物。不过，使用头孢类抗生素前需要确定患者没有头孢类药物过敏史，有青霉素严重过敏史者慎用。
局部外用药物
痔疮栓： 部分痔疮栓也可用于肛窦炎的治疗，比如太宁栓，它含有复方角菜酸酯，具有保护直肠黏膜、减轻炎症和疼痛的作用。使用时将栓剂塞入肛门内，一般每天1 - 2次。使用时要注意如果对药物成分过敏则不能使用。中药坐浴： 一些中药方剂煎水坐浴也有一定效果，例如用苦参、黄柏、金银花等中药煎水后坐浴，具有清热解毒、消肿止痛的作用。一般每天坐浴1 - 2次，每次15 - 20分钟左右。但中药坐浴时要注意温度适宜，避免烫伤，皮肤破溃者慎用。
对症治疗药物
止痛药物： 如果肛窦炎导致疼痛较明显，可适当使用止痛药物，如布洛芬缓释胶囊等。布洛芬能缓解轻至中度疼痛，不过布洛芬对胃肠道有一定刺激性，有消化道溃疡病史者慎用。需要注意的是，肛窦炎的药物治疗应在医生的指导下进行，医生会根据患者的具体病情，如感染的病原体类型、炎症的严重程度等综合考虑选择合适的药物。同时，在药物治疗的同时，患者还需要注意保持肛门局部清洁，避免食用辛辣刺激性食物等，以促进病情的恢复。