肛窦炎常用的药物主要有抗生素类药物、局部外用药物等。一般来说，根据病情不同用药有所差异，常用的抗生素类药物如甲硝唑等可用于控制感染。
局部外用药物
栓剂类： 例如甲硝唑栓，可直接作用于肛窦部位，起到抗菌消炎的作用。使用时需注意按照正确的方法塞入肛门内，一般建议在清洁肛周后使用，能缓解肛窦炎引起的局部不适。膏剂类： 像痔疮膏等有时也可用于肛窦炎的辅助治疗，它能起到一定的消肿、止痛、抗炎作用。但要注意选择合适的膏剂，在使用前先咨询医生意见。
抗生素类药物
口服抗生素： 当肛窦炎有较明显感染时，可能会使用口服抗生素，比如阿莫西林克拉维酸钾等。这类药物通过抑制细菌细胞壁的合成来发挥杀菌作用，但使用前需要确定患者没有过敏史等禁忌情况。静脉用抗生素： 在肛窦炎病情较重、口服药物效果不佳时，可能会考虑静脉输注抗生素，如头孢类抗生素等。不过静脉用药需要在医生的严格评估下进行，根据患者的具体感染情况来选择合适的抗生素。
中药相关药物
中药栓剂： 一些中药制成的栓剂也可用于肛窦炎的治疗，比如一些具有清热利湿、消肿止痛功效的中药栓剂，能从中医角度起到改善肛窦炎症状的作用。中药洗剂： 还可以使用中药洗剂进行坐浴，例如黄柏洗液等。通过坐浴能促进局部血液循环，减轻炎症反应，缓解肛窦炎带来的疼痛、坠胀等不适症状。在坐浴时要注意水温适宜，按照正确的方法进行坐浴操作。