宝宝在睡觉时咳嗽，可能由以下原因引起：
1.生理原因：
喉部发育不完善：宝宝喉部的会厌软骨发育尚未完善，吞咽时会厌软骨会盖住气管，导致呛咳。
呼吸道分泌物增多：宝宝的呼吸道还没有发育完善，鼻腔和咽喉部比较狭窄，黏膜柔嫩，血管丰富，容易受刺激而发生炎症，导致分泌物增多。当宝宝仰卧时，分泌物不易咳出，就会出现呛咳。
胃食管反流：宝宝的胃容量较小，且呈水平位，贲门口比较松弛，容易发生胃食管反流，导致胃酸和其他胃内容物反流到咽喉部，刺激咳嗽感受器，引起咳嗽。
2.病理原因：
上呼吸道感染：宝宝上呼吸道感染后，会出现鼻塞、流涕、咳嗽等症状。由于宝宝的咳嗽反射还不健全，不能有效咳出痰液，因此会在睡觉时咳嗽。
支气管炎：支气管炎是宝宝常见的呼吸道疾病，主要由病毒或细菌感染引起。宝宝会出现咳嗽、咳痰、喘息等症状，在睡觉时咳嗽会加重。
肺炎：肺炎是宝宝比较严重的呼吸道疾病，除了咳嗽、咳痰、喘息等症状外，还会出现发热、呼吸困难等症状。如果宝宝患有肺炎，睡觉时咳嗽会更加明显。
其他：宝宝患有过敏性鼻炎、咳嗽变异性哮喘等疾病时，也会出现睡觉时咳嗽的症状。
如果宝宝只是偶尔在睡觉时咳嗽，且没有其他不适症状，可以先观察一段时间。如果宝宝咳嗽频繁、剧烈，或者伴有发热、喘息等症状，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。