心肌炎通常是由病毒感染、自身免疫性疾病、药物或毒物等因素导致。其中病毒感染是最常见的原因，比如柯萨奇B组病毒，约有30%~50%的心肌炎是由该病毒引起的。
病毒感染引发心肌炎
肠道病毒感染： 像柯萨奇病毒、埃可病毒等肠道病毒，很容易侵袭心肌。当人体感染这类病毒后，病毒会直接损伤心肌细胞，还会引发免疫反应，进一步加重心肌的炎症。例如柯萨奇B组病毒，它可以通过血液循环到达心脏，在心肌细胞内复制，导致心肌细胞变性、坏死。呼吸道病毒感染： 流感病毒、腺病毒等呼吸道病毒也可能引发心肌炎。流感病毒感染后，病毒在体内产生的毒素以及免疫反应会波及心脏，使得心肌出现炎症。有研究发现，流感流行期间，心肌炎的发病率会有所升高。
自身免疫性疾病导致心肌炎
类风湿关节炎相关： 类风湿关节炎患者自身免疫系统会错误地攻击自身组织，当累及心脏时就可能引发心肌炎。这类患者体内存在自身抗体，会破坏心肌细胞，导致心肌炎症反应。而且类风湿关节炎病程较长的患者，发生心肌炎的风险相对更高。系统性红斑狼疮相关： 系统性红斑狼疮是一种自身免疫性结缔组织病，患者体内的自身抗体可针对心肌组织，引发免疫介导的心肌损伤，从而出现心肌炎的表现。患者除了有皮肤、关节等部位的症状外，还可能出现心悸、胸痛等心肌炎相关症状。
药物或毒物引起心肌炎
某些抗生素： 如阿奇霉素等大环内酯类抗生素，在个别患者使用后可能引发心肌炎。其具体机制可能与药物引起的免疫反应有关，但不是所有使用该药物的人都会发生，只是有一定的个体易感性。化学毒物： 一氧化碳中毒时，一氧化碳会与心肌细胞的血红蛋白结合，影响心肌的氧供，导致心肌缺氧、损伤，进而引发心肌炎。另外，某些重金属中毒，像铅中毒，也可能损害心肌，引起心肌炎症。