黄体囊肿形成的原因主要与黄体的正常生理变化以及一些异常情况有关。正常情况下，卵泡排出卵子后，卵泡壁塌陷形成黄体，如果黄体腔内有大量的积液，使得腔的直径超过2.5cm，就形成了黄体囊肿。一般来说，黄体囊肿多在月经周期的特定阶段出现。
生理性因素导致
排卵后形成：女性排卵后，卵泡壁会塌陷，逐渐形成黄体。在这个过程中，如果黄体腔内液体量较多，就可能形成黄体囊肿。通常这种黄体囊肿会在月经周期的后期自然消失，一般不需要特殊处理，多数可在2 - 3个月经周期内自行消退。激素变化影响：体内激素水平的波动也可能促使黄体囊肿形成。例如在妊娠期，黄体受到高激素水平的刺激，会增大形成黄体囊肿，这是一种生理性的黄体囊肿，一般随着妊娠结束会逐渐缩小。
病理性因素相关
内分泌紊乱：当女性内分泌系统出现紊乱时，会影响黄体的正常代谢和功能。比如长期熬夜、精神压力过大等情况可能导致内分泌失调，进而干扰黄体的形成过程，增加黄体囊肿形成的几率。内分泌紊乱还可能使黄体持续存在并不断增大，形成病理性的黄体囊肿。子宫内膜异位症影响：子宫内膜异位症患者，异位的子宫内膜可能会影响卵巢的正常结构和功能，从而影响黄体的形成与退化，容易引发黄体囊肿。这类患者除了可能有黄体囊肿外，还常伴有痛经、月经不调等症状。
医源性因素导致
药物影响：长期使用某些激素类药物可能会干扰体内正常的激素平衡，进而影响黄体的状态。例如长期服用避孕药，其中的激素成分可能会改变黄体的生理过程，增加黄体囊肿形成的风险。不过这种情况在停药后，随着体内激素水平逐渐恢复正常，黄体囊肿有消退的可能。妇科操作刺激：一些妇科手术操作，如刮宫术等，可能会对卵巢的正常组织造成一定刺激，影响黄体的正常发育，从而导致黄体囊肿形成。但这种医源性因素导致的黄体囊肿相对较少见，一般在术后通过身体的恢复，黄体囊肿也可能逐渐消退。