吞咽困难可能由多种原因引起。据统计，约有多种疾病因素可导致吞咽困难。
一、口腔咽喉部疾病导致
口腔局部病变： 如口腔溃疡，当溃疡较严重时，在吞咽过程中，食物会刺激溃疡部位，引起疼痛，从而导致吞咽困难。口腔溃疡一般7~10天可自愈，但严重时会影响进食。咽部疾病： 咽炎是常见的咽部疾病，急性咽炎发作时，咽部黏膜充血、肿胀，会出现吞咽疼痛及困难的情况。慢性咽炎相对症状较轻，但也可能在某些诱因下加重，导致吞咽时稍有不适。
二、食管疾病引发
食管炎： 反流性食管炎较为常见，由于胃酸反流刺激食管黏膜，引起食管炎症、水肿，患者会有吞咽困难的感觉，还常伴有烧心、反酸等症状。一般通过改变生活方式和药物治疗，症状可得到缓解，但容易复发。食管癌： 这是导致吞咽困难的重要原因之一，早期可能只是吞咽时有异物感，随着病情进展，会出现进行性吞咽困难，先是难咽固体食物，继而半流质食物，最后水和唾液也难以咽下。
三、神经系统病变造成
脑血管意外： 如脑梗死、脑出血等，病变影响了吞咽相关的神经传导，会导致吞咽功能障碍。据统计，约有半数以上的脑血管意外患者会出现不同程度的吞咽困难。帕金森病： 该病会影响神经系统对吞咽肌肉的控制，患者吞咽缓慢，容易出现食物滞留于咽部的情况，进而导致吞咽困难，还可能伴有流涎等症状。
四、全身性疾病影响
重症肌无力： 这是一种自身免疫性疾病，会累及神经肌肉接头处，导致肌肉无力，吞咽肌肉受累时就会出现吞咽困难，且具有晨轻暮重的特点。缺铁性贫血： 严重贫血时，身体各器官供氧不足，包括吞咽相关的肌肉，也可能影响吞咽功能，同时还会伴有面色苍白、乏力等表现。