睑板腺囊肿主要是由于睑板腺出口阻塞，腺体的分泌物潴留在睑板内，对周围组织产生慢性刺激而引起的。一般来说，睑板腺囊肿的发生与多种因素相关。
睑板腺分泌功能异常相关
睑板腺油脂分泌过多： 有些人睑板腺分泌油脂的量比常人多，当分泌的油脂不能正常排出时，就容易导致出口阻塞，进而引发睑板腺囊肿。例如，青春期的青少年，由于体内激素水平变化，睑板腺分泌较为旺盛，相对来说更易出现这种情况。睑板腺油脂分泌过少： 随着年龄增长，睑板腺功能可能会逐渐衰退，油脂分泌减少且质量变差，也容易使睑板腺出口堵塞，增加睑板腺囊肿的发生风险。一般40岁以上人群这种情况相对多见。
眼部慢性炎症影响
结膜炎影响： 患有慢性结膜炎时，炎症会刺激睑板腺，导致睑板腺开口处的上皮细胞发生增生、阻塞，从而引发睑板腺囊肿。比如长期患有过敏性结膜炎的患者，眼部长期处于炎症状态，就容易出现这种问题。睑缘炎影响： 睑缘炎会使睑缘的腺体组织受到破坏，影响睑板腺的正常排泄功能。像鳞屑性睑缘炎患者，睑缘部位会有鳞屑等炎性物质，容易阻塞睑板腺出口，进而引发睑板腺囊肿。
不良生活习惯因素
用眼不卫生： 长时间不注意眼部清洁，用脏手揉眼睛等，会让细菌、灰尘等容易进入睑板腺开口，造成阻塞。比如每天长时间使用电子设备后不及时清洁眼部，就可能增加睑板腺囊肿的发病几率。长期佩戴不合适的眼镜： 佩戴的眼镜不合适，如镜框过紧等，会对睑板腺产生压迫，影响其正常的分泌和排泄功能，也容易引发睑板腺囊肿。例如长期佩戴材质过硬、不合适度数的眼镜，就可能出现这种情况。