脸上扁平疣的最佳治疗方法需要根据患者的具体情况来选择，以下是一些常用的治疗方法：
1.外用药物：
维A酸乳膏：这是一种常用的外用药物，可以促进扁平疣的消退。
咪喹莫特乳膏：具有免疫调节作用，可用于治疗扁平疣。
2.物理治疗：
冷冻治疗：通过低温冷冻扁平疣组织，使其坏死脱落。
激光治疗：利用激光的能量破坏扁平疣组织。
3.系统治疗：
免疫调节剂：如干扰素、胸腺肽等，可以调节机体的免疫功能，有助于扁平疣的消退。
抗病毒药物：对于疣体较多或病情较重的患者，可使用抗病毒药物进行治疗。
需要注意的是，扁平疣的治疗需要一定的时间，患者需要耐心配合医生的治疗。同时，在治疗过程中，应避免搔抓疣体，以免引起自身接种传播。此外，保持良好的生活习惯和皮肤清洁也有助于扁平疣的恢复。
如果扁平疣症状严重或治疗效果不理想，建议及时就医，医生会根据具体情况制定个性化的治疗方案。