脸上扁平疣的最佳治疗方法需要根据患者的具体情况来选择，以下是一些常用的治疗方法：
1.外用药物：包括维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等。这些药物可以促进扁平疣消退，但需要坚持使用一段时间。
2.物理治疗：如冷冻治疗、激光治疗、电灼治疗等。这些方法可以直接去除扁平疣疣体，但可能会留下疤痕，需要在医生的指导下选择合适的治疗方法。
3.口服药物：对于疣体较多或病情较严重的患者，口服药物可能是一种选择。常用的药物包括抗病毒药物、免疫调节剂等。
4.中医治疗：中医认为扁平疣是由气血失和、腠理不密、外感风热毒邪所致，可以采用中药内服、外用或针灸等方法进行治疗。
需要注意的是，扁平疣具有传染性，患者应避免搔抓疣体，以免疣体扩散。同时，患者应注意个人卫生，保持皮肤清洁，避免与他人共用毛巾、脸盆等物品。如果扁平疣症状严重或治疗效果不佳，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。