结膜炎的眼药水选择需根据病因来定。一般细菌性结膜炎可选用抗生素类眼药水，如氧氟沙星滴眼液，它能有效抑制细菌生长，通常能在数天内缓解症状；而病毒性结膜炎可使用抗病毒类眼药水，像阿昔洛韦滴眼液，对病毒有一定的抑制作用。
细菌性结膜炎适用眼药水
左氧氟沙星滴眼液： 属于喹诺酮类抗生素，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而达到杀菌效果。一般来说，细菌性结膜炎患者使用这类眼药水后，1 - 2天能感觉到眼部不适有所减轻，但需连续使用3 - 5天来彻底消除炎症。不过，对喹诺酮类药物过敏者禁用。妥布霉素滴眼液： 氨基糖苷类抗生素，主要是抑制细菌蛋白质合成来发挥抗菌作用。它对多种革兰氏阳性菌和阴性菌有效，使用后大约24小时能看到炎症有一定程度的改善，使用时要注意，肾功能不全者、孕妇及哺乳期妇女需谨慎使用。
病毒性结膜炎适用眼药水
阿昔洛韦滴眼液： 核苷类抗病毒药，能干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒的复制。病毒性结膜炎患者使用后，通常2 - 3天能缓解眼部的红肿、疼痛等症状，但用药期间可能会出现轻度的眼部灼烧感、刺痛等不适，对阿昔洛韦过敏者禁用。更昔洛韦眼用凝胶： 也是抗病毒药物，作用机制是抑制病毒DNA的合成。它对于病毒性结膜炎的治疗效果较好，使用后可能需要连续使用1 - 2周，儿童使用时要格外谨慎，需在医生指导下使用。
过敏性结膜炎适用眼药水
富马酸依美斯汀滴眼液： 是肥大细胞稳定剂兼抗组胺药，能稳定肥大细胞，阻止组胺等致敏介质释放，还能直接拮抗组胺受体。使用后约15 - 30分钟就能起到缓解眼痒等过敏症状的作用，不过个别患者可能会出现头痛、视物模糊等不良反应，对本药过敏者禁用。色甘酸钠滴眼液： 属于肥大细胞稳定剂，通过稳定肥大细胞膜，抑制肥大细胞脱颗粒，阻止过敏介质释放来发挥作用。一般需要提前预防使用，在接触过敏原前使用，能有效减少过敏性结膜炎的发作，它的安全性相对较高，但起效相对较慢，大约需要1 - 2小时才能看到症状缓解，孕妇及哺乳期妇女使用前需咨询医生。