男生小便时尿道刺痛，可能是以下原因引起：
1.尿道炎：尿道炎是尿道黏膜的炎症，多由细菌感染引起。除了尿道刺痛，还可能伴有尿频、尿急、尿道口红肿等症状。尿道炎可分为淋菌性尿道炎和非淋菌性尿道炎，淋菌性尿道炎是由淋病奈瑟菌感染引起，主要通过性接触传播；非淋菌性尿道炎的病原菌较为复杂，常见的有沙眼衣原体、支原体等。
2.膀胱炎：膀胱炎是膀胱的炎症，也可能导致小便时尿道刺痛。此外，还可能出现尿频、尿急、尿痛等症状，部分患者可能伴有血尿。
3.前列腺炎：前列腺炎是男性常见的疾病，可分为急性前列腺炎和慢性前列腺炎。急性前列腺炎多由细菌感染引起，除了尿道刺痛，还可能伴有发热、寒战、会阴部疼痛等症状；慢性前列腺炎的症状较为多样化，尿道刺痛是其中之一，还可能伴有尿频、尿急、尿痛、尿不尽、尿后滴沥等症状。
4.尿道结石：尿道结石可导致尿道黏膜损伤，引起小便时尿道刺痛。此外，还可能伴有排尿困难、血尿等症状。
5.其他：尿道口息肉、包茎、包皮过长等也可能导致小便时尿道刺痛。
如果男生出现小便时尿道刺痛的症状，建议及时就医，进行相关检查，如尿常规、尿培养、超声等，以明确病因，并进行针对性治疗。此外，在治疗期间应注意个人卫生，多喝水，避免憋尿，同时应避免食用辛辣、刺激性食物，以免加重病情。