男生小便时尿道刺痛，可能与以下原因有关：
1.尿道炎：尿道炎是尿道黏膜的炎症，多由细菌感染引起。除了尿道刺痛，还可能伴有尿频、尿急、尿道口红肿等症状。尿道炎可分为淋菌性尿道炎和非淋菌性尿道炎，前者由淋病奈瑟菌感染引起，后者由支原体、衣原体等感染引起。尿道炎具有传染性，主要通过性接触传播。
2.前列腺炎：前列腺炎是男性常见的疾病，好发于中青年男性。前列腺炎可分为急性前列腺炎和慢性前列腺炎，急性前列腺炎多由细菌感染引起，慢性前列腺炎的病因较为复杂，可能与细菌感染、免疫因素、前列腺充血等有关。除了尿道刺痛，还可能伴有尿频、尿急、尿痛、尿不尽、会阴部疼痛等症状。
3.尿道结石：尿道结石是指在尿道内形成的结石，可导致尿道黏膜损伤，引起尿道刺痛。尿道结石还可能伴有排尿困难、血尿等症状。
4.其他原因：除了上述原因，还有可能是其他原因引起，如尿道损伤、尿道肿瘤等。
总之，男生小便时尿道刺痛的原因较为复杂，需要及时就医，进行相关检查，如尿常规、尿道分泌物涂片和培养、超声等，以明确病因，并进行针对性治疗。同时，患者应注意个人卫生，多喝水，勤排尿，避免憋尿，避免食用辛辣刺激性食物。