吞咽困难可能由多种原因引起。一般来说，吞咽困难的原因可以从口腔、咽喉、食管等部位的问题来分析。
口腔疾病导致的吞咽困难
口腔炎症： 例如口腔溃疡，当溃疡面较大较深时，在吞咽过程中，食物会刺激溃疡部位，引起疼痛，从而导致吞咽困难。一般口腔溃疡7~10天会自愈，但如果长期不愈需就医。口腔肿瘤： 口腔内的肿瘤会占据空间，影响食物的通过，早期可能只是吞咽时有异物感，随着肿瘤增大，吞咽困难会逐渐加重。
咽喉部病变引发的吞咽困难
咽喉炎： 急性咽喉炎时，咽喉部黏膜充血、肿胀，会导致吞咽时疼痛，吞咽困难；慢性咽喉炎也可能有咽喉部不适感，吞咽时感觉不畅。急性咽喉炎如果及时治疗，一般1~2周可缓解。咽喉部肿瘤： 如喉癌、下咽癌等，肿瘤生长会阻塞咽喉通道，早期可能表现为吞咽异物感，逐渐发展为进行性吞咽困难，严重时甚至唾液都难以咽下。
食管病变造成的吞咽困难
食管炎： 反流性食管炎比较常见，是因为胃酸反流刺激食管黏膜，引起食管黏膜炎症、水肿，导致吞咽困难，还常伴有烧心、反酸等症状。通过规范治疗，一般4~8周症状可改善。食管狭窄： 可能由食管良性狭窄（如吞咽腐蚀剂后形成瘢痕导致狭窄）或恶性狭窄（食管癌引起）引起。食管良性狭窄可通过扩张等治疗改善，食管癌导致的狭窄则预后相对较差。食管癌： 是导致吞咽困难的重要原因之一，早期可能仅在吞咽粗硬食物时有不同程度的不适感觉，如哽噎感等，中晚期则进行性吞咽困难，先是难咽干的食物，继而半流质，最后水和唾液也不能咽下。
神经系统病变引起的吞咽困难
脑卒中： 当脑部血管发生意外，如脑梗死或脑出血影响到吞咽中枢或支配吞咽的神经时，会出现吞咽困难，约有37%~78%的脑卒中患者会发生吞咽困难，且发病后1周内是发生误吸的高峰期。帕金森病： 该病会影响神经系统对吞咽肌肉的控制，导致吞咽启动困难、吞咽缓慢等，患者可能会出现食物在口腔内残留、咳嗽等表现，随着病情进展，吞咽困难会逐渐加重。