紫菜本身一般副作用较少，但食用不当可能会带来一些问题。一般来说，正常适量食用紫菜通常不会有严重副作用，但如果过量食用或存在特殊情况，可能出现以下情况。
过敏方面的情况
对紫菜过敏者： 少数人可能对紫菜过敏，食用后可能出现皮肤瘙痒、红肿、起皮疹等过敏症状，严重的可能会出现呼吸困难等过敏反应。比如有过敏体质的人，在首次食用紫菜时就需要格外留意是否出现过敏迹象。非过敏者大量食用： 虽然大多数人吃紫菜不会过敏，但如果一次性大量食用紫菜，可能会在胃肠道消化方面带来负担。因为紫菜含有一定量的膳食纤维，大量食用后，胃肠蠕动可能会受到一定影响，出现腹胀等不适感觉。
碘摄入相关情况
碘摄入过量风险： 紫菜中含有一定量的碘，如果是本身碘摄入已经超量的人群，比如一些患有甲状腺疾病且需要严格控制碘摄入的患者，大量食用紫菜可能会加重病情。正常人群一般每天从食物中摄入的碘量有一定范围，若过量食用紫菜，就可能超出身体正常需求，对甲状腺功能产生不利影响。特殊人群需注意： 对于一些本身甲状腺功能异常的人，像甲亢患者，过量摄入碘会影响病情的控制，不利于身体恢复；而一些单纯性甲状腺肿患者，如果是碘缺乏引起的，适量吃紫菜有好处，但如果是碘摄入过量导致的单纯性甲状腺肿，就要谨慎食用紫菜。
卫生方面的情况
不洁紫菜的影响： 如果食用了被污染的紫菜，比如紫菜在生产、加工、储存过程中受到细菌、病毒等污染，食用后可能会引起胃肠道感染，出现腹痛、腹泻、恶心、呕吐等症状。例如，一些小作坊生产的紫菜，卫生条件不达标，就容易存在污染风险。储存不当的问题： 紫菜如果储存不当，比如受潮了，就容易滋生霉菌等微生物，食用受潮霉变的紫菜也会对身体健康造成危害，可能引发肠胃不适等问题。所以购买紫菜后要注意正确储存，放在干燥、通风的地方。