宝宝高烧39度，可采取使用退烧药物、物理降温、日常调理以及就诊治疗等方法来处理，具体如下：
一、使用退烧药物：宝宝高烧39度时，为避免高热惊厥或其他并发症的出现，需尽快给予退烧药物治疗。通常在医生指导下，可让宝宝服用乙酰氨基酚、布洛芬等退烧药物进行降温。
1.乙酰氨基酚：能有效降低体温，缓解因高烧带来的不适。
2.布洛芬：也是常用的退烧药物之一，能发挥较好的退烧作用。
二、物理降温：包括使用退烧贴、温水擦浴等方式。
1.退烧贴：其利用透皮吸收原理，表面的凝胶通过水分汽化可带走皮肤表面热量，从而达到退烧目的。
2.温水擦浴：用温热毛巾擦拭宝宝颈部、腋窝等大血管经过处，降低血液温度，起到辅助降温效果，同时能减轻高烧引起的身体不适感。
三、日常调理：除了降温措施外，近期家长要注意为宝宝做好保暖，防止受凉。同时要让宝宝多休息，减少运动，饮食上以营养清淡为主，并适当补充维生素C，以增强机体抵抗力。
四、就诊治疗：宝宝体质相对较弱，特别是婴幼儿，高烧容易导致大脑皮质过于兴奋或抑制，从而引发高热惊厥。而且有些宝宝的高烧可能是由脑炎、脑膜炎、肺炎等疾病引起。所以在家长通过药物和物理降温处理后，如果宝宝症状仍无好转，应尽快带其就诊，以免病症加重。
总之，当宝宝高烧39度时，要综合运用多种方法进行处理，密切关注宝宝状态，必要时及时就医，确保宝宝的健康和安全。