鼻窦炎的治疗药物需根据病情类型选择，急性鼻窦炎常用抗生素类药物，如阿莫西林克拉维酸钾，一般疗程7-10天；如果是细菌感染引起的鼻窦炎，可选用青霉素类抗生素，不过对青霉素过敏者需换用头孢类等其他抗生素。
抗生素类药物
青霉素类： 适用于部分敏感菌引起的鼻窦炎，不过对青霉素过敏者禁用。一般通过抑制细菌细胞壁合成发挥杀菌作用。头孢类： 像头孢呋辛酯等，对多种细菌有抗菌活性，可用于鼻窦炎治疗，使用前需确认患者无头孢类药物过敏史。
鼻用糖皮质激素
布地奈德鼻喷雾剂： 能减轻鼻黏膜炎症反应，缓解鼻塞、流涕等症状，通常每天使用1-2次，每次每个鼻孔1喷。糠酸莫米松鼻喷雾剂： 可抗炎、抗过敏，改善鼻腔通气，成人及青少年常用剂量是每个鼻孔1喷，每天1次。
黏液促排剂
桉柠蒎肠溶软胶囊： 能促进鼻腔和鼻窦黏膜纤毛运动，帮助排出鼻腔内的黏液，一般成人一次0.3g，一天3-4次。标准桃金娘油肠溶胶囊： 同样可调节黏液分泌，促进分泌物排出，成人服用时，用餐时用凉开水送服，一次300mg，一日2-3次。
减充血剂
麻黄碱滴鼻液： 可收缩鼻黏膜血管，减轻鼻塞，但连续使用一般不宜超过7天，否则可能引起药物性鼻炎。赛洛唑啉鼻用喷雾剂： 也能缓解鼻塞，儿童使用浓度需注意，6岁以上儿童可用0.05%的剂型，一次每鼻孔1喷，一天不超过2次。