怀孕三个月晚上肚子疼，原因包括以下几方面：一是子宫随胎儿生长发育而不断增大，同时牵扯子宫两侧圆韧带，从而引起肚子疼痛，这是孕期正常妊娠反应，无需担忧；二是可能为葡萄胎，这是种少见的妊娠并发症异常妊娠，因妊娠后胎盘绒毛滋养细胞异常增生、间质水肿而形成大小不一水泡，孕妇若有流产史、营养不良等可能诱发，一经确诊需及时去医院施行清宫，定期随诊且要进行避孕；三是可能为先兆流产，孕妇除肚子疼外还伴有阴道流血或有烂肉样组织从阴道排出等，要及时去医院就诊，查看B超确认胎儿情况，监测HCG及孕酮变化，孕妇应放松心情，卧床休息保胎；四是可能为急性胃肠炎，孕妇除肚子疼还会有恶心、呕吐表现，一般与着凉、饮食不当等有关，应注意保暖，多喝温水，少食多餐，避免暴饮暴食，确诊后可在医生指导下口服蒙脱石散、双歧杆菌四联活菌片等药物治疗。
日常要保证充足睡眠时间，不能熬夜，身体不要过度疲劳，不做重体力活，尽量不做弯腰动作。平时要注意饮食卫生，建议以清淡有营养食物为主，可多吃新鲜蔬菜水果，少吃辛辣刺激性食物。
总之，怀孕三个月晚上肚子疼可能有多种原因，要根据具体情况进行判断和处理，同时注意孕期的各方面护理。