怀孕三个月肚子有点疼可能是正常生理现象，也可能是异常情况，具体要依据发病原因来判断。
一、如果是正常生理现象：女性在怀孕三个月时，子宫逐渐增大，通常会对韧带造成牵拉，从而引起腹部疼痛，这属于正常表现，一般无需特殊处理。
二、如果是异常情况：平时活动量较大时老是出现肚子痛，且伴有阴道褐色分泌物等症状，通常是不正常的，多是由先兆流产导致，这是一种不正常现象。此时应及时到正规医院就诊，可在医生指导下通过口服黄体酮等药物进行保胎治疗，也可通过静脉输液的方式保胎。在治疗期间还应注意休息，避免剧烈运动，以免加重病情，不利于身体健康。
总之，怀孕三个月肚子疼要根据具体情况分析，若有异常应及时就医并采取恰当的治疗措施，同时注意相关事项。